Experimente: clique com o botão direito no ícone e selecione "Tamanho original" e tente redimensionar novamente.
Caso contrário, afaste os diretórios de configuração do dconf / gconf e reinicie o nautilus (faça logoff) e tente novamente.
Tudo verifica aqui, redimensionando os arquivos .desktop e os arquivos normais.