O problema não é usar aplicativos gráficos em si, mas o fato de muitos aplicativos gráficos criarem (ou alterarem a propriedade de) arquivos de ponto no diretório inicial do usuário invocador e, às vezes, impedirem que o aplicativo seja iniciado novamente quando executado como usuário .
Uma possível solução pode ser sempre executar o sudo com o sinalizador -H:
-H, --set-home
Request that the security policy set the HOME environment
variable to the home directory specified by the target user's
password database entry. Depending on the policy, this may
be the default behavior.
Se a política permitir (o que acontece, nas instalações atuais do Ubuntu, AFAIK), isso fará com que os aplicativos gravem esses dados no diretório raiz do root /root em vez do diretório inicial do sudoer.
Uma maneira de conseguir isso seria usar um alias, por exemplo, adicionar alias sudo='sudo -H' ao arquivo de inicialização do seu shell interativo (por exemplo, ~/.bashrc ).
Não consigo pensar em uma situação em que -H seria indesejável em um comando sudo, mas se houver um, você poderá invocar o comando unaliased como \sudo somecommand .
Para uma discussão mais detalhada, incluindo opções para preservar $ HOME globalmente por meio do arquivo sudoers, consulte Como o sudo está definido para não alterar $ HOME no Ubuntu e como desativar esse comportamento?