Se o problema estiver em /etc/profile , observe que, por SSH, ele é originado por shells interativos que o próprio SSH inicia. Se você executar outro comando, ele não será originado, mesmo se esse comando for seu shell:
ssh -t user@server bash
Quando um comando é especificado, o SSH assume que você não o está executando de forma interativa e não aloca uma pseudo-tty (o que pode causar problemas em alguns programas). O -t é necessário para dizer a ele para alocar um arquivo de qualquer maneira.
Tudo isso é irrelevante se o seu servidor SSH usa a opção ForceCommand . Se isso acontecer, não importa o que você especificar para o comando ssh , qualquer que seja o servidor configurado para executar será executado.