Eu tenho duas sugestões, nenhuma das quais é garantida para funcionar:
- Execute Reparo de inicialização - Essa ferramenta pode corrigir muitos problemas de inicialização mais ou menos automaticamente. Se você executá-lo, certifique-se de executá-lo a partir da sua instalação Ubuntu ou de um disco de emergência inicializado da mesma maneira (isto é, no modo EFI, se a sua saída for qualquer indicação). O lado negativo dessa abordagem é que, em raras ocasiões, isso realmente piora as coisas. Tais problemas são raros, mas você deve estar preparado para a possibilidade.
- Instale o meu gerenciador de inicialização do rEFInd - Este programa pode, às vezes, inicializar o Windows quando o GRUB não pode e, portanto, vale a pena tentando. Você pode fazer isso com relativa segurança, testando a unidade flash USB ou a imagem de CD-R antes de instalá-la no disco rígido; no entanto, isso exigirá que você desabilite a inicialização segura, pelo menos temporariamente, se estiver ativada no momento. Além disso, se a Inicialização Segura estiver ativa, o rEFInd exigirá que você registre uma chave quando for inicializada pela primeira vez. Neste caso, eu também recomendo que você instale a versão do pacote Debian, não o PPA, por causa de um bug no Ubuntu 16.04 que afeta o modo como o PPA lida com o Secure Boot.
Seu problema pode ser causado por uma exclusão acidental do gerenciador de inicialização do Windows. Se esse for o caso, nenhuma das soluções acima funcionará e as únicas opções de reparo envolvem o uso de um disco de recuperação do Windows ou a restauração dos arquivos da partição do sistema EFI (ESP) de um backup. Você pode verificar os arquivos relevantes no Ubuntu digitando:
sudo ls /boot/efi/EFI/Microsoft/Boot
Deve haver vários arquivos nesse diretório, incluindo bootmgfw.efi (o carregador de inicialização principal) e vários outros. Se esse arquivo não estiver presente, recomendo que você investigue esse detalhe antes de tentar o reparo de inicialização ou a correção de rEFInd.