Sua saída mostra dois avisos, um dos quais é importante e o outro é irrelevante. O primeiro aviso é:
WARNING: GPT (GUID Partition Table) detected on '/dev/sde'! The util fdisk doesn't support GPT. Use GNU Parted.
O segundo aviso é:
Partition 1 does not start on physical sector boundary.
O primeiro aviso é o mais importante - a versão de fdisk que vem com o Ubuntu 14.04 é inútil em discos GPT, que é o seu disco. Você pode, portanto, ignorar com segurança o segundo aviso. Em vez disso, use o GParted, parted ou gdisk para particionar o disco. A saída gdisk que você mostrou claramente identifica a primeira partição como começando no setor 4096, o que é razoável para quase todos os discos em uso hoje, incluindo (AFAIK) todos os discos com capacidades na faixa de ~ 5TB.