Não, você pode executar vários ambientes de área de trabalho: LXDE (incluído no Lubuntu), GNOME (incluído no Ubuntu GNOME), MATE (Ubuntu Mate), Unity (incluído no Ubuntu) sem que o software subjacente seja afetado.
Dito isso, se você executar o KDE, alguns softwares podem precisar obter mais bibliotecas, mas um simples sudo apt-get MySoftware --reinstall conseguirá isso.