Você pode tentar instalar (ou verificar se já está instalado) thermald . É um daemon que evita o superaquecimento do seu PC. Para instalar, execute o seguinte comando:
sudo apt-get install thermald
Eu também sugiro habilitar o governador de freqüência Intel P-State que gerencia como sua CPU altera a frequência de trabalho. Para isso, edite o arquivo de configuração do grub
sudo nano /etc/default/grub
e adicione intel_pstate=enable à seguinte linha, como mostrado abaixo
GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT="quiet splash intel_pstate=enable"
Agora você precisa executar
sudo update-grub
para aplicar as alterações e, em seguida, reiniciar o sistema para iniciar o driver Intel P-state .
Se esta solução não for suficiente ou se você quiser um melhor controle de fãs, você pode ler esta postagem onde você pode encontrar uma breve explicação sobre os programas lm-sensors ( sensores de cpu monitor ) e fancontrol ( permitem gerenciar configurações de ventilador ).
Espero que isso ajude você.