O seguinte parece funcionar bem para listar os arquivos e pastas que precisam de arquivamento, com exceções possíveis:
find \
"/usr/local/bin" \
"/var/www/owncloud/themes/mytheme" \
"/usr/share/cowsay/cows" \
! -path "/var/www/owncloud/themes/mytheme/core/css*"
Esse comando pode então ser executado da seguinte maneira e ser canalizado para rsync
:
find \
"/usr/local/bin" \
"/var/www/owncloud/themes/mytheme" \
"/usr/share/cowsay/cows" \
! -path "/var/www/owncloud/themes/mytheme/core/css*" \
-print0 | \
sudo rsync -0aczvAXHS --progress --files-from=- / "Backups/folder"