Libreoffice: Dados → Filtro → Filtro Avançado → Opções → Linhas duplicadas desativadas
Você pode copiar o conteúdo de ambos os arquivos em uma planilha, remover as duplicatas e criar dois novos arquivos, se desejar. Isso precisaria de algum tipo de marcador na planilha para que você possa ver o arquivo 2 iniciado.
Nenhuma magia especial necessária.