Nem tudo será resolvido com o root do root: root, tente instalar a mesma versão do Ubuntu em outro PC ou VM, instale todos os pacotes instalados atualmente e execute este comando:
sudo find /etc -exec stat --format 'chown %U:%G %n' {} \; >> restore.sh
Ele irá escrever um script que contém permissões de / etc saudável com conteúdo como este:
...
chown root:dip /etc/ppp/peers/provider
chown root:lp /etc/cups/subscriptions.conf
chown root:lp /etc/cups/printers.conf
chown root:root /etc/cups/raw.types
chown root:root /etc/cups/smfp.types
chown root:lp /etc/cups/printers.conf.O
...
Copie o restore.sh para o seu atual Ubuntu com problemas e execute-o com o sudo para restaurar suas permissões.