sim, você pode. Se você está perguntando sobre dual boot não causará nenhum problema e é um procedimento simples. se você está procurando instalar o mate em sua máquina atual do ubuntu use o mate ppa para o ubuntu 15.10 ou use os comandos
sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-mate-dev/wily-mate
sudo apt-get update
sudo apt-get install mate-desktop-environment-core