SIM VOCÊ PODE , Basta iniciar a configuração da instalação do Ubuntu e quando chegar ao menu de particionamento, 'Do Something Else' (ou particionamento manual). Aqui você poderá fazer partições em qualquer disco que quiser e depois atribuí-las como 'swap' ou '/ home'. apenas certifique-se de fazer um '/' também (este é o lugar onde o resto do seu sistema operacional irá). Boa sorte.