Eu lutei com a mesma mensagem de erro (Ubuntu 15.10). Eu encontrei algumas informações sobre isso em uma página da Web diferente:
De acordo com essa resposta, parece haver um bug no repositório usado. Para corrigir este problema, é aconselhável adicionar a última versão da plataforma diretamente (depois de remover a antiga):
$ cordova platform remove ubuntu
$ cordova platform add https://github.com/apache/cordova-ubuntu
Isso realmente resolveu o erro de compilação para mim. Ele até sugere a construção de um pacote debian:
$ cordova build ubuntu
Building...
Note: to build a debian package, run:
[...]
Espero que essa abordagem corrija o problema para a maioria das pessoas. Pessoalmente, não posso executar o aplicativo vazio. A janela aparece, mas permanece branca e o aplicativo trava.