Se você ainda não viu os links postados pelo @muru, basicamente:
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Conecte seu Nexus 5 ao PC
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Desbloqueie o telefone
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Abra a aba de notificações e toque em "USB para carregamento" (isso não aparece na barra de status, pois é uma notificação de baixa prioridade).
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Toque em "Transferir arquivos (MTP)".
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Verifique a barra lateral do gerenciador de arquivos no seu PC. Ele deve aparecer com "Nexus 5" (ou qualquer dispositivo chamado) se for montado normalmente.
Se isso não funcionar, tente usar as outras opções, como PTP ou MIDI. Se nada disso estiver sendo captado pelo PC, tente outro cabo. Se isso ainda não funcionar, pode haver um problema com o computador. Nesse caso, teste-o em outro computador e publique suas descobertas aqui. Espero que não vá tão longe, especialmente porque você teve o problema desde a atualização 6.0.