Sou o autor do aplicativo que você mencionou.
O ícone da barra de tarefas (atualmente chamado de "indicador" no mundo do Ubuntu) é definido dentro do próprio código. O aplicativo tenta puxar um arquivo de ícone genérico "indicator-stickynotes.png". O sistema geralmente procura por isso no tema de ícones atual ou (se isso falhar) no tema de alta cor. Você notará que o pacote PPA instala um ícone monocromático em ubuntu-mono- * e um ícone multicolorido em oi-color.
Se você não gostar do ícone, poderá alterar o código-fonte ou substituir o ícone.
Se você preferir, talvez prefira bifurcar o repositório git para poder mesclar suas alterações com quaisquer alterações no código upstream.
Acredito que os outros efeitos que você está descrevendo são atingidos alterando o ícone, mas não tenho certeza. Você vai querer ler sobre os indicadores do Ubuntu para isso.