Aplicativos GUI têm janelas
O que você deseja alcançar só é possível se um aplicativo for projetado para ter um processo em segundo plano em execução sem janela.
Escondendo as janelas
Normalmente, um aplicativo de GUI não pode ser executado sem sua janela, e matar a janela é matando o aplicativo. O que pode ser feito para tornar a janela invisível , é:
- ocultando a janela minimizando
- ocultando a janela desmapeando-a
Ambos podem ser feitos programaticamente com a ajuda de xdotool
, mas se o seu objetivo é destruir a janela sem destruir o aplicativo, receio que não haja nenhuma maneira.