Desculpe, mas não há opção de "redefinição de fábrica" no Ubuntu. Você precisará reinstalá-lo. Para manter seus arquivos intactos:
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Se você tiver uma partição / home separada, desmarque a partição "format" e defina seu ponto de montagem como "/ home" durante a instalação.
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Se você não tiver uma partição / home separada, copie todo o diretório / home para uma unidade de armazenamento externo, como uma unidade flash. Você precisará de privilégios de root para fazê-lo, então rode 'gksudo nautilus /' em um terminal, sem aspas, para abrir o gerenciador de arquivos com tais privilégios. Em seguida, basta copiar e colar o diretório "/ home" na unidade externa. Depois de reinstalar o Ubuntu, seus arquivos devem estar lá.