Não há "melhor" para nada, mas se eu tivesse a escolha entre ext4 e ntfs para um compartilhamento Samba em um servidor Ubuntu, eu usaria um sistema de arquivos ext4 é o que o Kernel entende melhor e tem melhor desempenho.
Assegure-se de criar usuários no sistema inicial e no sistema Samba. (a menos que você queira um compartilhamento "mundialmente gravável").