Não tenho ideia de como você conseguiu colocar essas pastas na pasta de lixo do usuário sem movê-las de propósito, no entanto: a pasta de lixo do usuário está localizada em ~/.local/share
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Você pode esvaziar manualmente a lixeira removendo a pasta inteira (ela será recriada quando um novo arquivo / pasta for movido para a lixeira):
sudo rm -rf ~/.local/share/Trash