Eu tenho os dois e ambos funcionam bem.
Bônus com ATI -
Melhor desempenho do opencl
Mais barato para mais unidades de processamento de fluxo |
Mais desenvolvimento nos drivers abertos
Bônus com nvidia -
Eles têm um driver binário freebsd maduro (provavelmente não relevante para você)
Geralmente mais estável, por enquanto,
Se você for dual boot, eles terão menos problemas com o Windows se você tiver uma placa multi-gpu