Eu tive os mesmos problemas. No começo meu segundo monitor parecia bom com uma resolução de 1440x900, mas depois que eu mudei minhas configurações, ele continuou girando a tela e o modo normal não estava mais disponível.
xrandr --output VGA1 --auto --rotate normal
Resolve o problema temporariamente, mas tenho que refazer isso após o login, etc.
Voltei do Unity 3D para o Metacity 2D, consulte:
É possível alterar o Unity 3D para 2D e obterá algum aumento de desempenho depois disso?
Agora o problema está resolvido, posso selecionar a resolução correta e a orientação normal . Há um bug no Unity 3D, porque ele reclama que a resolução não encaixa no quadro 2K, 1440 não está acima de 2K!