O que aconteceu é que o Ubuntu instalou o GRUB como gerenciador de boot primário no computador, o que está sobrescrevendo a inicialização do rEFInd. Não é claro da sua descrição se você consegue inicializar todos os três sistemas operacionais do GRUB. Se não, ou se você não gosta do GRUB, você pode restaurar o rEFInd para ser o gerenciador de inicialização primário.
A maneira menos invasiva mas mais difícil de fazer isso é usar efibootmgr
no Ubuntu. Digite sudo efibootmgr -v
para ver uma lista de opções de inicialização. Procure por um que faça referência a rEFInd (pode ser chamado de "Mac OS X" ou algo similar, mas deve se referir ao nome do arquivo binário rEFInd). Em seguida, você pode usar a opção -o
para efibootmgr
para defini-la no início da ordem de inicialização, como em sudo efibootmgr -o 0080,0001,0081
se a opção rEFInd for Boot0080
e Boot0001
e Boot0081
forem coisas que você pode desejar para inicializar se o rEFInd não aparecer por algum motivo.
A maneira mais fácil, mas um pouco exagerada, de fazer com que o rEFInd funcione novamente é reinstalá-lo. Você deve ser capaz de fazer isso do OS X ou do Ubuntu. Uma vez reinstalado, você poderá inicializar qualquer um dos seus sistemas operacionais a partir do rEFInd. No caso do Ubuntu (e talvez do OS X ou Windows), você deve ser capaz de fazê-lo diretamente ou através do GRUB.