A função eig é usada para calcular os autovalores (e autovetores) das matrizes. Para balancear matrizes, você pode usar a função balance .
Você pode verificar a documentação do Octave em funções básicas da matriz .
Se a sua pergunta estiver relacionada a detalhes de sua implementação, você pode verificar o eig código-fonte . À primeira vista, parece não ser implementado no código (e nenhum parâmetro para excluir o saldo de pré-processamento está disponível, como por exemplo você pode encontrar no Matlab). Daí eu presumo que não é realizado. Eu acho que você pode executar o equilíbrio da matriz como passo preliminar (e comparar os resultados).