Os formatos de arquivo suportados dependerão do software que você escolher usar.
Do site da Natron -
% bl0ck_qu0te%E a partir do readme do OpenImageIO -
% bl0ck_qu0te%Você encontrará uma lista similar de formatos na documentação do ffmpeg.
Natron compõe imagens de bitmap e não vejo menção de imagens baseadas em vetores na lista, mas você pode abrir um arquivo de imagem vetorial no synfig ou no inkscape e salvar uma cópia de bitmap da imagem para ajustar-se ao projeto de composição. Para animações, o synfig salva uma seqüência de imagens se você escolher um único formato de imagem.
Você precisará executar etapas semelhantes para objetos 3d, renderizar o objeto para uma imagem que poderá ler com natron. Usar uma imagem que suporte canais alfa, como png, facilitará a tarefa.