Sim, executar o Ubuntu exclusivamente em um SSD seria a opção com mais desempenho. Você pode até considerar o particionamento do SSD para conter tanto a partição do sistema operacional quanto o espaço de troca. Colocar o espaço de troca no HDD coloca um pouco de gargalo no desempenho se você começar a usar aplicativos com uso intensivo de memória que excedam o espaço de RAM que você tem, já que sua velocidade será limitada pela velocidade de leitura / gravação do HDD. Como os SDDs podem ler e gravar dados muito mais rapidamente, com o espaço de troca, sem dúvida, você aumentará seu desempenho.