pdftoppm
cria arquivos de saída no diretório em que você o executa. Então, se você simplesmente abrir um terminal, você sempre começa em seu diretório home. Isso:
user@pc:~$ pdftoppm -png file.pdf prefix
deve criar arquivo (s) png no diretório home ( ~
é o mesmo que /home/user
) com nome (s) começando com prefix
.
Acabei de verificá-lo na minha máquina (Xubuntu 15.04) - funciona como um encanto.