Normalmente, todos os seus arquivos pessoais são incluídos na sua pasta pessoal. Portanto, deve ser suficiente se você levar apenas essa pasta em sua nova instalação. Se você tem lugares outros arquivos em seu sistema que só você pode responder.
Configurações do sistema que você não deve levar para o novo sistema. A menos que você tenha se ajustado e saiba o que você fez.
O mesmo para as suas configurações locais em sua pasta pessoal (arquivos e pastas de pontos). Crie um backup e recupere as coisas apenas quando realmente precisar delas, passo a passo.