Não sei por que o Nautilus muda o plano de fundo. O Nemo vem embalado com o Cinnamon, mas desde que você instalou no Ubuntu, o Nautilus é deixado como o aplicativo padrão. Como tal, algumas aplicações irão chamar o Nautilus em vez do Nemo, por ex. abrir o diretório de download do Chrome.
Você pode mudar seu gerenciador de arquivos padrão para o Nemo seguindo: Como definir nemo como padrão em vez de nautilus?
Depois de alterar o gerenciador de arquivos padrão, talvez seja necessário alterar a área de trabalho para o que você deseja e / ou redefinir seu computador.