Você não precisa usar o gedit. Como você está em um sistema de servidor, provavelmente com apenas um console de terminal disponível, você precisará usar o encaminhamento X11 com ssh ou um editor baseado em terminal.
Para editar o arquivo sob sudo, use apenas sudo nano em vez de gksudo . Se você deseja encaminhar sua exibição, você pode usar ssh -X e, em seguida, gksudo e gedit funcionarão, mas seja um pouco lento, dependendo da sua conexão com o servidor.