Após algumas pesquisas, acabei com essa solução:
pkexec env DISPLAY=$DISPLAY XAUTHORITY=$XAUTHORITY shares-admin
Ele passa as variáveis de ambiente necessárias para o novo ambiente isolado. Como a raiz não possui variáveis DISPLAY e XAUTHORITY em seu ambiente, o usuário deve transmiti-la antes que a raiz use qualquer aplicativo dependente da GUI.
(Agora eu comecei a pensar como posso torná-los permanentes quando o sudo ligou ...)