Em versões recentes do Ubuntu, gdm foi substituído por lightdm - é por isso que você não tem gdm.conf . Para definir lightdm para ser iniciado manualmente, crie um arquivo 'override' para sua configuração init:
echo 'manual' | sudo dd of=/etc/init/lightdm.override
(isso cria um arquivo chamado /etc/init/lightdm.override contendo uma única linha que diz manual )
Dessa forma, o lightdm só será iniciado quando você invocar:
sudo service lightdm start
e para pará-lo:
sudo service lightdm stop