Você está tentando usar pip fora de um virtualenv. Isso significa que ele tentará instalar coisas nos pacotes globais do site que são de propriedade do root. Duas opções:
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Mude para fazer as coisas de um modo virtual, o que o seu usuário possui. Isso geralmente é mais seguro porque você não vai sobrescrever arquivos de propriedade do sistema.
sudo apt-get install python-virtualenv virtuanev venv source ./venv/bin/activate pip install -U pip # gets a better version of pip! pip install pyofss
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Execute seu comando pip como root:
sudo apt install python-numpy python-scipy python-matplotlib sudo pip install pyofss