tente diff -u file_1.txt file_2.txt > patch1o2
então patch -p0 < patch1o2
o primeiro comando criará um arquivo chamado patch1o2
contendo toda a diferença entre os dois arquivos.
O segundo comando adicionará no primeiro arquivo o conteúdo da diferença na mesma posição de linha.
a saída será um arquivo_1.txt atualizado com linhas extras do arquivo_2.txt
editar 14/07/2015: criar um script bash com um loop para analisar todos os arquivos presentes na pasta aqui está um exemplo:
FILE_1=folder_1/*.txt
for i in "$FILE_1"
do
awk -F"," '{print $1}' "$i"
done