No Menu Atividades, procure pelo aplicativo "Menu Principal", desmarque ou apague as categorias que você vê selecionadas no Debian. Isso removeu todas as instâncias de ícones duplicados de baixa resolução para mim.
Editar: eu pessoalmente excluiria toda a árvore de ícones do Debian - isso garantiria que esses itens não fossem exibidos mesmo que você os tenha desmarcado, porque eu encontrei esse recurso (desativando ícones) com bugs. Embora houvesse problemas que afirmei há algum tempo, esta ainda era a solução do meu problema.