Eu não vejo porque o ccsm não funcionaria, mas se você realmente quiser fazer isso na linha de comando, você pode acessar diretamente o gconf.
Abra o Terminal e experimente estes comandos.
Executar isso em um terminal informará sua configuração atual:
gconftool --get /apps/compiz-1/general/screen0/options/hsize
Executar isso mudará seu tamanho horizontal e vertical para 3:
gconftool --set /apps/compiz-1/general/screen0/options/hsize --type=int 3
gconftool --set /apps/compiz-1/general/screen0/options/vsize --type=int 3
Se você tiver várias telas ou outras complicações, isso pode não funcionar.