Não abrandar o seu computador, abrandar o seu programa.
Você pode usar o cpulimit. Este programa limita a porcentagem de CPU para um programa ou processo especificado.
A porcentagem é especificada com o argumento -l e usa um número entre 1 e 100 * num_of_cpus
O programa é especificado com o argumento -e (se você usar o nome do arquivo do programa) ou -p (se for um processo em execução).
Você pode instalar a partir do Centro de Software ou com o comando:
sudo apt-get install cpulimit
Agora você pode usar:
cpulimit -e my_program_exe_file_name -l 20
e seu programa será limitado a 20% de uma CPU.
Se você quiser limitar um processo em execução (exemplo de id do processo 12345)
cpulimit -p 12345 -l 20