Primeiro, a instalação não instalará um aplicativo comum. O que ele instala é conhecido como um aplicativo da web.
Isso fará com que ele ainda seja aberto no seu navegador, mas ele poderá fazer algumas interações "inteligentes" com o Ubuntu (como usar a notificação do Ubuntu para notificação, integração do painel, integração do painel de volume etc.) e um atalho ser adicionado ao traço na maioria dos casos.
Assim, a diferença é que o site / aplicativo é inteligente em ser capaz de aparecer como um aplicativo local enquanto ainda está sendo executado no navegador.