Você pode usar uma lista de alterações de svn para acompanhar um conjunto de arquivos que você deseja confirmar juntos.
A página vinculada apresenta muitos detalhes, mas aqui está um exemplo de resumo executivo:
$ svn changelist my-changelist mydir/dir1/file1.c mydir/dir2/myfile1.h
$ svn changelist my-changelist mydir/dir3/myfile3.c etc.
... (add all the files you want to commit together at your own rate)
$ svn commit -m"log msg" --changelist my-changelist