Isso ocorre porque o PPA foi atualizado recentemente (2015-05-29) e o caminho onde o Nemo procura por scripts mudou.
Seus scripts antigos estavam localizados em:
~/.gnome2/nemo-scripts/
Novas versões do Nemo analisam:
~/.local/share/nemo/scripts/
Copie seus scripts antigos para o novo diretório e os scripts estarão disponíveis novamente:
mkdir -p ~/.local/share/nemo/scripts/ &&\
cp -r ~/.gnome2/nemo-scripts/* ~/.local/share/nemo/scripts/ &&\
chmod -R +x ~/.local/share/nemo/scripts/*
Note que você pode precisar reiniciar o Nemo para que os scripts apareçam, apenas use nemo -q
em um terminal.