Você precisará ter sua pasta de backup copiada para um local externo, porque você precisa dos arquivos de backup para restaurar seus dados. Então faça isso primeiro. Eu recomendo o Dropbox ou um disco rígido externo. Além disso, você pode usar o programa Aptik
(não instalado por padrão) para fazer backup da lista de pacotes e dos PPAs instalados.
Depois de ter feito o backup de seus dados de backup em um local seguro, você poderá reinstalar o Ubuntu. Transfira seus arquivos de backup para o novo sistema. Em seguida, abra os Backups, selecione Restaurar e siga as instruções para restaurar seus dados. Faça o mesmo para o Aptik restaurar seus programas e PPAs instalados.