A razão pela qual o apt-get ou o dpkg falham ao remover isto é que esta aplicação não é um pacote do Ubuntu.
É um script brutal que faz as coisas manualmente e não tem provisão para fácil desinstalação (desinstalar é fácil se você não é um novato, ainda não é uma boa razão para não fornecer um script de desinstalação, mas de qualquer forma).
Vamos ver o que isso faz.
Move a aplicação principal e seus arquivos para dentro de /opt/pt
gera um item de menu da área de trabalho /usr/share/applications/pt6.desktop
um ícone /usr/share/applications/pt6.desktop
e um link simbólico /usr/local/bin/packettracker
Como você pode ver no próprio script, se você não estiver executando um sistema de 32 bits, ele também está instalando manualmente um monte de dependências de 32 bits. (tirada diretamente do script que você postou)
sudo apt-get -y install lib32z1
sudo apt-get -y install lib32ncurses5
sudo apt-get -y install lib32bz2-1.0
sudo apt-get -y install libgcc1:i386
sudo apt-get -y install libstdc++6:i386
sudo apt-get -y install libssl-dev:i386
sudo apt-get -y install libqtwebkit4:i386
sudo apt-get -y install libqt4-scripttools:i386
Então, se você quiser usar o Nuke e não puder fazer isso com o gerenciador de arquivos, remova a pasta /opt/pt
sudo rm -rf /opt/pt
Remova o item de menu e o ícone e atualize o cache de ícones
sudo rm /usr/share/icons/hicolor/48x48/apps/pt6.png
sudo rm /usr/share/applications/pt6.desktop
sudo gtk-update-icon-cache -f -q /usr/share/icons/hicolor
Remova o link simbólico em symlink /usr/local/bin/packettracker
sudo rm /usr/local/bin/packettracker
então, se você estiver em um Ubuntu de 64 bits, você pode remover as dependências instaladas (aquelas que mostrei no trecho acima) com apt-get
como normal.
FONTE: Eu instalei a mesma coisa burra no Debian Jessie, mas foi preciso um pouco de esforço e eu tive que ler o script sozinho. Eu encontrei esta pergunta enquanto olhava como consertar algumas de suas dependências já que alguns dos pacotes que instala não estão mais lá em Jessie, ou eles têm um nome diferente (felizmente compatível com os padrões multiarch).