Eu tenho uma alternativa para você. Primeiro instale o pdftk através do centro de software ou:
sudo apt-get install pdftk
exporte o pdf normalmente no Libreoffice. Crie 2 arquivos idênticos, a.pdf e b.pdf, e execute em um terminal no diretório onde esses arquivos estão armazenados:
pdftk A=a.pdf B=b.pdf shuffle A B output collated.pdf
Isso criará o arquivo collated.pdf com 1,1,2,2,3,3 etc., que você poderá imprimir em duplex.
Se o terminal não é sua coisa (embora seja extremamente rápido para o que você está tentando fazer), há também uma interface GUI para o link pdftk (Também está nos repos). No entanto, nunca usei o último.