rubygems é um pacote virtual, verifique o arquivo de pacotes do Ubuntu . Um pacote virtual não é um pacote real, ele não possui um arquivo .deb associado a ele. Um grupo de pacotes que fornecem algumas funcionalidades genéricas é representado usando um pacote virtual para que qualquer pacote possa depender do pacote virtual, em vez de precisar saber qual é o pacote que fornece as funcionalidades.
No seu caso, o pacote virtual é rubygems e o pacote físico é ruby . Como ruby fornece as funcionalidades que o pacote virtual rubygems indica, você está recebendo a mensagem de que rubygems foi substituído por ruby .