Se esses dois são os únicos comandos que você executou, isso deve ser corrigido:
$ sudo chown -R root:staff /usr/local/lib/node_modules
Este reverte o efeito do segundo comando que você mencionou:
$ sudo chown -R $USER /usr/local/lib/node_modules
Não há nada de errado com o primeiro, já que o diretório home já deveria ter pertencido ao próprio usuário.