Eu tenho duas máquinas, uma com Ubuntu exclusivo e outra com o Ubuntu + windows. Meus dotfiles são sincronizados usando um repositório vcs off-premise e o mesmo para meus projetos.
No entanto, gostaria que as imagens do meu sistema estivessem em sincronia também, em algum nível. Por exemplo, se eu instalar um software em uma máquina, será mais fácil instalar o mesmo software na outra máquina. Ou se eu mudar minhas configurações de sshd, então similar. Eu estou bem se isso fizer com que os dois computadores acabem sendo idênticos, embora eu prefira a capacidade de ter algumas configurações específicas da máquina também.
Você já ouviu falar do Macrium Reflect ? Eu acho que pode executar algo como automaticamente (Scheduled) criar uma imagem do sistema para um NAS (File Server).
Eu tenho experiência em fazer dois PCs completamente idênticos ao Macrium Reflect. Mas o seu caso é muito mais avançado.