Isso também está acontecendo comigo e é muito chato.
O Fcitx é, como o ibus, um sistema de método de entrada de teclado. Você pode ir para o seletor do idioma do gnome para ver qual deles você está usando. Na maioria dos casos, o ibus pode ser suficiente e não faz mal remover totalmente a fcitx.
No entanto, preciso de fcitx, mas não encontrei uma maneira de lidar com isso. Mas pelo menos eu respondi parte da sua pergunta.