Se você tiver dois discos rígidos separados, recomendo usar a opção de particionamento "Algo mais"; Não tenho certeza se as opções mais automáticas funcionarão com vários discos. Além disso, você sabe onde quer que as coisas vão e o instalador não.
O Ubuntu há muito tempo suporta o GPT; isso não é um problema. Você deve ser cauteloso, no entanto, dos modos de inicialização. Se o Windows estiver instalado em um disco GPT, ele deve estar inicializando no modo EFI. Se você instalar o Ubuntu no modo BIOS / CSM / legado, isso criará complicações. Veja minha página em instalações Linux em modo EFI , esta página de documentação do Ubuntu , ou esta questão do askubuntu sobre como instalar o Ubuntu e o Windows 8 . Você não precisa fazer nada especial por causa de seu segundo disco, além de usar a opção de particionamento "Algo mais".