Por meio do comentário do bodhi.zazen, encontrei a solução.
Configuração
iptables -A OUTPUT -m state --state NEW -p udp --dport 53 -j ACCEPT
iptables -A OUTPUT -m state --state NEW -p tcp --dport 53 -j ACCEPT
e permitindo a entrada de uma conexão previamente estabelecida com eiter
iptables -A INPUT -m state --state ESTABLISHED,RELATED -j ACCEPT
ou
iptables -A INPUT -m state --state ESTABLISHED -p udp --sport 53 -j ACCEPT
iptables -A INPUT -m state --state ESTABLISHED -p tcp --sport 53 -j ACCEPT
resolve o problema.