O Cinnamon é desenvolvido para ser usado por um usuário novato. É por isso que (entre outras coisas) a canela é embalada abruptamente, então você não pode remover muitas coisas. O ponto é que: eles querem fornecer tudo de uma maneira simples para o usuário final. Se não criarmos dependências strongs, um usuário não experiente pode não saber o que deve ser instalado para ter uma área de trabalho totalmente funcional.
Os applets, os desklets e as extensões (que realmente fazem a área de trabalho) não contêm maneiras de declarar dependências complexas para um pacote. Portanto, a dependência de todas as extensões (applets, desklets ...) está incluída no pacote canela. Então, pelo menos, as extensões de padrões que os desenvolvedores de canela fornecem, podem ser usadas sem necessidade de saber ou instalar nada.
O que você pede é, então, ir na direção oposta do que os desenvolvedores do Cinnamon tentam fazer. Poderia ser possível no futuro, se for criada uma maneira de criar dependências complexas para as extensões de canela.